وظیفۀ اصلی این معاونت سامان‌دهی امور آموزشی مؤسسه است که در راستای نشر و ترویج اندیشه‌ها، آراء و افکار مهدوی در سطوح مختلف گام بر می‌دارد

السلام علیک یا سبیل الله الذی من سلک غیره هلک
من مات و لم یعرف امام زمانه مات میتة جاهلیة
امامت اکمال دین و تمام نعمت است با امامت طرح دین کامل می‌شود؛ پراکنده‌ها گرد هم می‌آیند و جمع و جامعه دینی و حکومت دینی تحقق می‌یابد. با امامت است که نعمت‌ها در جایگاه خود قرار می‌گیرند و به تمامیت می‌رسند اما امامت این کمال دین و تمام نعمت از آغاز با مخالفت‌ها و دشمنی‌هایی برخاسته از جهل، غرور، منفعت‌طلبی و عناد مواجه شده است، مخالفت‌ها و دشمنی‌هایی که در طول تاریخ با تلاش‌های علمی همراه شد و با جعل احادیث و طرح و گسترش شبهات پیوند خورده است. این تلاش‌ها با فرا رسیدن عصر غیبت و طرح اندیشه مهدویت به عنوان طرحی برای حیات و استمرار تشیع و تصویری از آینده جهان و پایان فراز و فرودهای تاریخ، شدت و گستره بیشتری یافته است و تا امروز ادامه داشته است و با بهره‌گیری از تمامی امکانات و ابزارها، فرهنگ و اندیشه امامت و ولایت را هدف گرفته است.
رسول خدا و امامان شیعه از صدر اسلام و در پی آن بزرگواران، عالمان و اندیش‌مندان دردمند تلاش‌های گسترده‌ای را در جهت تبیین امامت و مهدویت و پاسخ‌گویی به شبهات آغاز کرده و پی گرفته‌اند. این تلاش‌ها در عصر غیبت گاه به دلیل فشارهای سنگین دشمنان ولایت و گاه به جهت حفظ وحدت مسلمین در برابر دشمنان بیرونی با افت و خیزهایی همراه شده است. این تلاش‌ها در دوره‌های مختلف این عصر بیش از هر چیز از ضعف آموزش و پژوهش رنج برده است. و در دوره‌های اخیر به‌ویژه پس از پیروزی انقلاب اسلامی که هجوم دشمن شدیدتر شده این ضعف نمود و بروز بیشتری یافته است، ولی به دلیل حفظ وحدت در برابر دشمن، برنامه‌ریزی و تلاش برای ترمیم و تکمیل این ضعف‌ها بسیار کم‌رنگ دنبال شده است. ضرورت تبیین امامت و مهدویت و شدت هجوم منسجم و برنامه‌ریزی شده دشمنان در کنار ضعف‌ها و کاستی‌های موجود، ضرورت پژوهش و نظریه‌پردازی و تربیت پژوهش‌گر خلاق را به دنبال می‌آورد.
از سویی دیگر مهدویت به عنوان ایده‌ای که مجموعه گسترده‌ای از مباحث اعتقادی، فرهنگی، اجتماعی، سیاسی و تاریخی را با خود دارد، و با توجه به نقشی که در استمرار حیات تشیع در طول تاریخ اسلام داشته است، ظرفیت و قابلیت‌های بسیاری برای پژوهش و نظریه‌پردازی و تأثیرگذاری در عرصه‌های مختلف زندگی بشر دارد. پژوهشکده مهدویت با توجه به این ظرفیت‌ها و با عنایت به ضرورت پژوهش و نظریه‌پردازی در این عرصه، برنامه آموزشی در سطوح مختلف از جمله دورة تربیت مدرس و دورة فشرده و دورة مقدماتی تربیت مربی مهدویت را تدوین کرده و به اجرا می‌گذارد.

اهداف کلی
این معاونت فعالیت خود را از بهمن‌ماه 1383 با اهداف زیر آغاز کرده است:
1. تبیین و به کارگیری معارف اسلامی به خصوص معارف مهدویت در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی؛
2. تربیت متخصصان برخوردار از آگاهی های کافی در زمینه‌های معارف اسلامی با گرایش به معارف مهدوی و علوم اسلامی، که صلاحیت علمی لازم را برای مقابله با اندیشه‌های انحرافی و التقاطی داشته باشند؛
3. پرورش محققان و صاحب‌نظرانی که بتوانند در حوزه‌های مختلف علوم انسانی به پژوهش و تحقیق بپردازند و در این زمینه‌ها نظریه‌پردازی کنند.
4. تربیت مبلغان و پژوهشگرانی کارآمد و مهدی‌باور که توانایی طرح مباحث مهدویت را به صورت عمیق و تأثیرگذار داشته باشند.

اهداف دورة تربیت مدرس
پژوهشکده مهدویت بر پایه نیازهای پژوهشی که در عرصه مباحث امامت و مهدویت مشاهده می‌شود، تربیت پژوهش‌گر نظریه‌پرداز را از مهم‌ترین اهداف و رسالت‌های خود دانسته و در این راستا تلاش‌هایی را آغاز کرده است. برای برنامه‌ریزی آموزشی بر اساس این هدف باید آن را تحلیل و به شکل کاربردی تعریف کرد.
پژوهش‌گری و نوآوری در عرصه‌های مختلف اندیشه اسلامی افزون بر مهارت پژوهش و نظریه‌پردازی و توان بهره‌گیری از متون تخصصی، مهارت فهم کتاب و سنت و تحلیل و تفسیر آیات و روایات و مهارت تحلیل و تبیین تاریخ و سیره را می‌طلبد در حوزه امامت توان درک و تحلیل مبانی کلامی و دفاع از آن نیز لازم است.

بنابراین در این دوره اهداف ذیل جهت توانایی‌های مدرسان و پژوهش‌گران در حوزه امامت و مهدویت مورد نظر می‌باشد:
1. توان فهم و تفسیر آیات
2. توان دفاع عقلانی از اندیشه مهدویت و مبانی آن و تحلیل و پاسخ‌گویی شبهات
3. توان تبیین و تحلیل تاریخ و سیره
4. توان پژوهش و نظریه‌پردازی در زمینه مهدویت
5. توان ترجمه متون تخصصی زبان انگلیسی

وظایف
وظیفۀ اصلی این معاونت سامان‌دهی امور آموزشی مؤسسه است که در راستای نشر و ترویج اندیشه‌ها، آراء و افکار مهدوی در سطوح مختلف گام بر می‌دارد، و شرح آن به قرار زیر می‌باشد:
1. ارائه پیش‌نویس طرح‌های جدید و برنامۀ سالانه معاونت
2. نظارت بر حسن اجرای امور آموزشی در معاونت
3. ایجاد هماهنگی بین مدیریت‌های معاونت آموزشی
4. تهیه و تدوین آیین‌نامه‌های آموزشی
5. شرکت در جلسات شوراهای مربوطه
6. تعیین و ابلاغ حکم مدیران زیر مجموعه
7. تهیه پیش‌نویس دستور جلسات شورای عالی و سایر شوراهای آموزشی
8. ارائه گزارش عملکرد معاونت

دوره‌های آموزشی
مؤسسه برنامه‌های خود را در سه مقطع کوتاه مدت، بلند مدت و غیرحضوری آغاز کرده است.
الف) دوره‌کوتاه مدت (فشرده)
در این مقطع از بین طلاب و روحانیونی که سطح 2 حوزه را گذرانده‌اند و مدرک تخصصی از یکی از مؤسسات حوزوی و غیرحوزوی در رشته‌های متفاوت از قبیل تفسیر، نهج‌البلاغه، جامعه‌شناسی، علوم سیاسی، روان‌شناسی، فلسفه، کلام و... را داشته‌اند از طریق مصاحبه علمی 22 نفر پذیرفته‌ شدند.
هدف از تشکیل دوره فشرده، آشنایی دانش‌پژوهان با معارف مهدویت و آمادگی آنان برای پژوهش در واحد پژوهش مؤسسه بوده است تا دانش‌پژوهان به مقتضای رشته تخصصی خود مباحث مهدویت را از منظر تفسیر، جامعه‌شناسی، علوم سیاسی، روان‌شناسی، فلسفه، کلام، عرفان و... بررسی کرده و تبیین نمایند.
محتوای برنامه‌های آموزش دوره فشرده:
در این دوره دانش‌پژوهان در دو ترم واحدهای درسی متفاوتی را به صورت حضوری در کلاس با اساتید مجرب و زبده گذراندند. عنوان‌های تدریس شده عبارتند از:
1. مسایل سیاسی مهدویت، استاد بهروز لک؛
2. دعاشناسی، استاد لاجوردی؛
3. تاریخ عصر غیبت، استاد پورسیدآقایی؛
4. حدیث‌شناسی 1 و 2، استاد طباطبایی؛
5. فرقه‌های انحرافی، استاد رضانژاد؛
6. آشنایی با کامپیوتر، استاد میرحسینی؛
7. منجی‌گرایی در ادیان 1 و 2 استاد موحدیان عطار و استاد فرمانیان؛
8. منبع‌شناسی، استاد آیتی؛
9. رجال 1 و 2، استاد غنوی؛
10. کارگاه رجال 1 و 2، استاد اسکندری؛
11. کتاب‌شناسی، استاد جعفری؛
12. امام مهدی در روایات، استاد پورسیدآقایی؛
13. شبهه‌شناسی مهدویت، استاد رضوانی؛
14. مبانی اعتقادی مهدویت، استاد پورسیدآقایی؛
15. آینده پژوهی، استاد ضمیری؛
16. نقد فرقه‌های انحرافی، استاد رضانژاد.

ب) دوره بلند مدت تربیت مدرس (دکتری)
هدف از برگزاری این دوره تقویت تحصیلات تکمیلی و تأمین هیأت علمی و استاد متخصص در مباحث مهدوی بوده است. در این مقطع از بین طلاب و روحانیونی که سطح 3 حوزه را گذرانده‌اند و مدرک تخصصی از یکی از مؤسسات حوزوی و غیرحوزوی در رشته‌های متفاوت از قبیل تفسیر، جامعه‌شناسی، علوم سیاسی، روان‌شناسی، فلسفه، کلام، عرفان و... را داشته‌اند، از طریق مصاحبه علمی ده نفر از برادران و 5 نفر از خواهران پذیرفته شدند.
محتوای برنامه‌های آموزش دوره سطح 4 (دکتری)
در این دوره که از تاریخ 20/6/1384 آغاز و در تاریخ 15/4/1387 به پایان رسید دانش‌پژوهان در شش ترم واحدهای درسی متفاوتی را به صورت حضوری در کلاس با اساتید مجرب و زبده گذراندند که عنوان‌های تدریس شده عبارتند از:

ترم اوّل:
1. اندیشه‌های سیاسی مهدویت استاد لک‌زایی
2. روش‌شناسی تفسیر استاد نصیری
3. تاریخ تحلیل استاد طائب
4. حدیث‌شناسی (1) استاد طباطبایی
5. زبان (1) استاد شجاعی‌پور
6. تاریخ عصر غیبت صغری (1) استاد صفری
7. رجال استاد علی‌نژاد
8. نظام اعتقادی اسلام استاد معلّمی
9. کتاب‌شناسی مهدویت استاد جعفری

ترم دوّم:
10. امامت استدلالی استاد سعدی
11. امام مهدی در قرآن استاد پورسیدآقایی
12. تاریخ تحلیلی استاد طائب
13. حدیث‌شناسی (2) استاد طباطبایی
14. زبان (2) استاد شجاعی‌پور
15. تاریخ عصر غیبت صغری (2) استاد صفری
16. رجال (2) استاد علی‌نژاد
17. تاریخ غیبت کبری استاد رضوی
18. منبع‌شناسی استاد جعفری

ترم سوّم:
19. بررسی احادیث مهدوی استاد پورسیدآقایی
20. مبانی اعتقادی در قرآن استاد هادی‌زاده
21. زبان (3) استاد شجاعی‌پور
22. آینده‌شناسی و پایان تاریخ استاد دکتر موسوی گیلانی
23. شبهات کلامی مهدویت استاد خسروپناه

ترم چهارم:
24. نقد منابع تاریخی استاد صفری فروشاتی
25. مبانی کلامی مهدویت استاد سیدمحمدرضا حجازی
26. زبان (4) استاد شجاعی‌پور
27. تفسیر تربیتی استاد پورسیدآقایی

ترم پنجم:
28. سیره سیاسی ائمه (1) استاد غنوی
29. روش تحلیل تاریخ استاد واسعی
30. بررسی و شرح احادیث و ادعیه مهدوی (1) استاد پورسیدآقایی
31. زبان (5) استاد شجاعی‌پور
32. نظریه‌پردازی (1) استاد دکتر نوروزی

ترم ششم:
33. مشترقین و مهدویت استاد موسوی گیلانی
34. مبانی تفسیر متون دینی استاد داعی‌نژاد
35. نظریه‌پردازی (2) استاد دکتر نوروزی
36. زبان (6) استاد شجاعی‌پور
37. بررسی و شرح احادیث و ادعیه مهدوی (2) استاد پورسیدآقایی
38. سیره سیاسی ائمه (2) استاد غنوی

ج) طراحی برخی دوره‌های آموزشی
الف) دورة مقدماتی تربیت مربی
ب) دو واحد دکترین مهدویت

د) دوره‌های غیرحضوری:
به منظور پاسخ‌گویی به درخواست‌های طلاب و روحانیون سراسر کشور، برای استفاده از برنامه‌های آموزش مؤسسه، برنامه‌ریزی‌هایی صورت گرفته تا طلاب ساکن شهرستان‌ها نیز بتوانند از برنامه‌های آموزشی مؤسسه به صورت غیرحضوری استفاده کنند.
هم‌چنین به منظور پاسخ‌گویی به درخواست‌های مکرر جوانان به فراگیری معارف مهدوی معاونت آموزش در نظردارد یک دوره ویژه معارف مهدوی ارائه دهد.